La Rioja cuenta con seis espacios naturales integrados en la Red Natura 2000, algunos ya incluidos en esa red europea como Zonas de Especial Protección para las aves  (ZEPAS).

Las Sierras de La Demanda, Urbión, Cebollera y Cameros en el límite con las provincias de Soria y Burgos, montañas del Sistema Ibérico con altitudes como el san Lorenzo ( 2271 mts), los Picos de Urbión ( 2228 mts) y la Mesa de Cebollera ( 2168 mts ).

El hábitat predominante son brezales y enebrales altimontanos, hayedos, bosques de coníferas, bosques mixtos y cortados.

Y especies protegidas como el águila culebrera, águila real, perdiz pardilla, aguilucho pálido, halcón abejero, águila calzada y búho real son moradores habituales de esta zona.

La Sierra de Alcarama en pleno Sistema Ibérico en el límite de la provincia de Soria, incluye el complejo de hoces y barrancos de los ríos Alhama y Añamaza.

Peñas de Iregua, Leza y Jubera, al sur de Logroño, en los contrafuertes del Sistema ibérico Norte, aquí es clima templado fresco. Están habitadas por especies protegidas como el buitre leonado, halcones y águilas reales.

Montes Obarenes, Sierra de Cantabria, en el macizo montañoso noroccidental de La Rioja, próximas al Sistema Ibérico. El hábitat predominante es monte bajo esclerófilo, encinares, roquedos, rocas desnudas y acantilados habitados por especies protegidas como el alimoche, halcón peregrino, águila real, búho real, águila perdicera y buitre leonado.

Peñas de Arnedillo, Peñalmonte y Peña Isasa, en la Rioja Baja, incluyen una parte del río Cidacos, en los términos municipales de Arnedillo, Préjano, Arnedo y muro de Aguas. El buitre leonado y el búho real son los pobladores de estas peñas.

Sotos y Riberas del Ebro, a lo largo del río Ebro se encuentran varias zonas con bosques de galería en las riberas de los ríos, que suponen un oasis en el conjunto deforestado de la depresión del Ebro, como un valor de mantenimiento de la biodiversidad. La vegetación de estos sotos está denominada por álamos blancos y chopos, además de sauces, olmos, fresnos, alisos y tamarices.